วิทยาลัยนานาชาติเริ่มต้นจากโครงการ International Students Degree Program (ISDP) ในเดือนกันยายนปี พ.ศ. 2529 โดยมีนักศึกษาทั้งหมด 45 คน ซึ่งในระยะแรกนั้นโครงการยังไม่เป็นรูปเป็นร่างสักเท่าใดนัก จนเมื่อปีพ.ศ. 2535 ทางโครงการได้มีพื้นที่เป็นของตน  และมีจำนวนนักศึกษาที่ลงทะเบียนเรียนกว่า 500 คน

ต่อมาในปี พ.ศ. 2539 โครงการ ISDP ได้เปลี่ยนชื่อแบบเป็นทางการคือ วิทยาลัยนานาชาติ มหาวิทยาลัยมหิดล (MUIC) หลังจากมีการขยายพื้นที่ในการเรียนการสอนเพื่อให้บริการแก่ศึกษากว่า1,000 คน หลังจากนั้นในสองปีต่อมา จำนวนนักศึกษาที่ลงทะเบียนของได้เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง ส่งผลให้จำนวนผู้สำเร็จการศึกษาเพิ่มขึ้นด้วยเช่นกัน